Sejalan dengan tiga tahun berdirinya Provinsi Banten yang merupakan provinsi pecahan dari Provinsi Jawa Barat, Balai Pemasyarakatan Klas II Serang pun dibentuk berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehakiman dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor : M.06.PR.07.03 Tahun 2003 Tentang Pembentukan Balai Pemasyarakatan Serang. Balai Pemasyarakatan Serang mulai beroperasi pada bulan Desember 2003 dengan wilayah kerja terdiri dari seluruh kabupaten dan kota yang berada di Provinsi Banten yakni Kota Madya Serang, Kabupaten Serang, Kota Madya Cilegon, Kab. Pandeglang, Kab. Lebak, Kota Madya Tangerang, Kab. Tangerang, dan Kabupaten Tangerang Selatan, sebelumnya tugas-tugas ke-Bapas-an di wilayah provinsi Banten masih ditangani oleh Bapas yang berada di sekitar provinsi Banten, yaitu Bapas Bogor, Bapas Jakarta Barat dan Bapas Jakarta Selatan.

Balai Pemasyarakatan Klas II Serang berdiri di atas tanah berukuran 1.029 m² dengan luas bangunan kantor 240 m² dan memiliki 2 (dua) buah gedung,  beralamat di Jalan K.H. A Fatah Hasan Nomor 51 Serang, dengan gedung yang sebelumnya merupakan gedung Balai Harta Peninggalan Serang dan  menjadi gedung Bapas Serang sejak tahun 2004. Semula, gedung menghadap kesebelah kiri, dan bentuk bangunan belum sesuai dengan pola bangunan unit Bapas dengan tata ruangn yang sempit, terdapat 8 ruangan masing-masing berukuran 1,4 x 1,4 m hanya cukup satu meja dan kursi untuk satu orang pegawai karena sebelumnya ruangan diperuntukan barang harta peninggalan, sehingga pada tahun 2009 dilakukan renovasi gedung dengan biaya dari DIPA Tahun Anggaran 2009. Untuk memberi kepastian hukum terhadap asset Departemen Hukum dan HAM, pada tanggal 31 Januari 2009 Bapas Serang telah memiliki sertifikat Hak Milik.

Berdasarkan Keputusan Menteri Kehakiman RI Nomor : M.02-PK.07.03 Tahun 1987 Tentang Struktur Organisasi Balai Pemasyarakatan, Kepala Balai Pemasyarakatan Klas II Serang dibantu oleh : Kepala Urusan Tata Usaha, Kepala Sub Seksi Bimbingan Klien Anak dan Kepala Sub Seksi Bimbingan Klien Dewasa. Pada awal berdirinya, Pegawai Bapas Serang hanya beranggotakan Kepala Bapas beserta tiga orang Kasubsi, Bendahara Kantor dan satu orang Staf Rumah Tahanan Negara Serang yang diperbantukan, baru pada bulan Agustus 2005, Balai Pemasyarakatan Serang mendapat tambahan pegawai tetap sebanyak enam orang, hingga saat ini pegawai Balai Pemasyarakatan Klas II Serang seluruhnya berjumlah 25 Orang dan telah tiga kali mengalami pergantian kepemimpinan.